Acţiunea jocului se întâmplă în 2 locaţii deosebite: complexul Black Mesa (un complex de cercetare similar cu Area 51) şi Planeta Xen.
Protagonistul jocului nu este decât un oarecare doctor numit Gordon Freeman. Acesta este unul dintre supravieţuitorii unui experiment scăpat de sub control, care începe să deschidă porţi inter-dimensionale către lumea extraterestră, Xen, din aceste porţi ieşind extratereştrii care invadează Black Mesa.
Arsenalul lui Freeman se compune din arme militare (pistolul Desert Eagle, pistolul Glock 17, mitraliera MP5, lansatorul de rachete, shotgun, arbaletă, grenade, Satchel Charges, lasere), arme științifice experimentale (Tau Cannon, arma cu Gluoni) și arme de proveniență extraterestră (Snark, Hornet Gun).
Pe când Freeman încearcă să iasă din complex şi să dea o mână de ajutor răniţilor, el descoperă că este prins între două părți: extratereștrii ostili care au invadat complexul și soldații armatei trimiși de guvern pentru a mușamaliza evenimentul prin eliminarea lui Freeman, a oamenilor de știință și a extratereștrilor.
Pe tot cuprinsul jocului, un om misterios sub numele de G-man, mereu îmbrăcat în costum albastru şi purtând o servietă, îl monitorizează pe Freeman. Acesta, în unele situaţii îl ajută, iar în altele îi bagă beţe în roate. În cele din urmă, folosindu-se de ajutorul a diferiţi oameni de ştiinţă şi a paznicului Barney, ajunge în sectorul Lambda, unde un grup de supravieţuitori îl teleportează în Xen, unde trebuie să se lupte cu Nihilanth, conducătorul lumii Xen şi cel care ţine porţile deschise.
Doi ani mai târziu, în anul 1999, apare primul expansion pack pentru acest joc numit „Opposing Force” care îl are ca personaj principal pe Adrian Shephard, unul dintre soldaţii prezentaţi în jocul original. În 2005, apare al doilea expansion pack „Blue shift”, în care jocul este privit din iniţiativa paznicului Barney Calhoun. Ultimul expansion pack creat pentru Half-Life se numeşte „Decay” şi poate fi jucat numai pe PS2.